鉄道でイタリア旅行、ローマでお勧めのホテル地区、観光スポット、レストラン＆カフェ、お洒落なお店などを教えて下さい

3月下旬に女性二人でミラノで開催されるイベントに出席後に、鉄道を利用してミラノ→ベネチア→フィレンツェ→ローマへ旅行しようと思っています。　レールパスを購入するよりも、それぞれの区間の片道チケットを購入する方が良いでしょうか？　ローマから帰国しますが、この旅程で使えるお得な鉄道周遊券はありますか？

ローマでのホテルはまだ決めていないのですが、どの地区にあるホテルだと安全で観光やショッピングなどに便利でしょうか？ 　鉄道駅からのアクセスが良い場所が希望です。　少し距離があっても、地下鉄かトラムの駅から近い所なら構いません。　バスは、荷物の持ち運びが大変なので、できるだけ避けたいと思います。
また、行かない方が良い地区も教えて下さい。

ローマでは４泊します。　到着日翌日の3月31日は午前中に日本語ガイド付きのバチカン美術館とシスティーナチャペルの見学ツアーの申し込みをしています。　それ以外にも効率よく回れるツアーに申し込もうかなと思っていますが、ツアーの観光客があまり行かないような所でも、是非見ておく方が良いというお勧めスポットや、美味しいレストランやカフェ、おしゃれな小物などを売っているお店などを教えて頂けますか？

ホテルやレストラン、その他のお店は高級でない方が有難いですが、バックパッカーが多いような所（特にホテル）は避けたいです。　英語が通じて行き方が簡単な所を教えて下さると助かります。