私は本帰国済みなのですが、駐在時にZiptravelさんをよく利用していました。どれもプランの中身が良くて感謝しています。実はここの日本人スタッフは、かなりの頻度で日本と転勤していましたよ。シンガポールで発祥の会社ではないんだ、と思ったしだいです。日本の会社の名前はネットに出さないのですけど、聞いた記憶はあるので、残っている資料を調べたら出てくるかもしれません。

全部列車で行くのは、あまり現実的ではないですね。シンガポールからとありますが、まずシンガポール島内の列車はマレーシア国境際のwoodlandまで行かなければありません。中心部から国境までは地下鉄(途中からほとんど高架)で行き、国境の列車駅まで歩いて乗換できます。国際列車は乗車時間5分でマレーシアのジョホールバルセントラル駅に着き、そこが終点です。必ず二回目の乗換となりますので、ここまでにしておいた方がいいと思いますよ。ジョホールバルから先も何回も乗換が必要なようですが、鉄オタ以外は乗りませんね。一日数本の運行です。乗換という概念ではなくて、別々に乗るということになります。待ち時間を含めて7時間でクアラルンプールまで着けるとはとても思えません。
ほとんどの人は長距離バスで移動します。とても快適で、ラッシュ時刻でなければ、中心部から中心部まで6時間程度です。