プトラジャヤ、サイバージャヤ周辺に年単位で住んでいました。
現在も、仕事関係で、プトラジャヤには頻繁に出向いています。

今でこそ、地域内を路線バスや鉄道が走るようになりましたが、プトラジャヤ地域はまだまだマイカー必須の街です。

当初出発地からピンクモスクまではどのように移動されますでしょうか？
もしご予算的に可能でしたら、Klookなどで最初の出発地からプライベートハイヤーを手配されるとよいと思います。
最初の出発地～プトラジャヤ散策～マラッカの片道でのご利用が良いのではないでしょうか？

※ピンクモスク周辺も、現地の足として車があった方がよいです。（駅～ピンクモスク周辺は、Grabでの移動が必須です）

残念ながら、プトラジャヤ周辺からマラッカ行きの直行定期長距離バスは出ていないようです。
長距離バスの場合は、KLIAなどの大きなターミナルで乗り換えるか、一度KLに戻る必要がありそうです。
KLに戻るとは言っても、TBS（駅はBTS）に戻ればよいので、プトラジャヤからは、KLIA Expressで一駅15分程度の移動時間です。
バスの発着本数の多さ少なさを考えると、TBS発かKLIA発のどちらかになると思います。それ以外の大きなターミナルは、プトラジャヤからのアクセスが悪く、利用に適さないです。
二つのターミナルでしたら、軍配はTBSに上がります。

移動距離を最小にしたい場合は、
→チャーター車を
少々移動が面倒でも、電車やバスを利用したい場合は、
→出発地～プトラジャヤ～（KLIA Express）～TBS(BTS)～（バス）～マラッカ
少々時間がかかってもよいというのなら、プトラジャヤ～TBS間を、通常の通勤電車にする方法もあります。（値段が少し安くなります）
で、ご検討されるのが良いと思います。

タクシー（Grab含め）は、プトラジャヤ周辺で流しを捕まえ、マラッカまで行ってくれとお願いするのは、すぐに車を捕まえられないなど、なかなか厳しいと思いますので、信頼できるタクシー会社やホテルにアレンジをお願いするなどした方がよいと思います。
プトラジャヤ周辺にも、４つ星5つ星のホテルもありますので、そういったところでご相談されるのもよいかもしれません。
Air Asia RIDE（今はAir Asia MOVE）で事前予約するという方法もありますが、そもそもプトラジャヤ、サイバージャヤ地域では、Air Asia車の絶対数が少ないので、あまり期待しない方が良いです。（KL市内発でしたら、使える手段です）

どうしても…というなら、Grabをお勧めします。
現地タクシーは交渉も大変ですが、車の質（メンテナンスという意味で）もあまりよくないので、Grabをご利用になった方が良いと思います。

ご参考にしていただければ幸いです。

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