台南で日本人が事件等に巻き込まれたという話は現在の発生しておりませんので、治安に関しては概ね安全と言えると思います。
しかし夜遅くの単独行動や、知らない地域へは立ち寄らない方が無難と思われます、親日の国台湾といえども海外ですので事件事故等を誘発しない行動を取る事が最善だと思います。

また治安とは少し違いますが、台南をはじめとした台湾南部は交通マナーが非常に悪く、多くの交通事故が発生しています。
青信号で横断歩道を渡る時も常に左右を確認してください、日本のように歩行者優先ではなく、車もバイクも突っ込んできます。
良く有る事故がタクシー降車時にドアを開けた際に後方から来たバイクがドアに接触するケースです、歩道や狭い場所でもバイクは走って来ますのでバスやタクシーの乗り降りの際は左右の確認を必ず行ってください。