こんにちは。卒業旅行いいですね！
フランクフルト、ミュンヘン、ローテンブルクそれぞれ行ったことがありますので、その時感じたことや見たこと、また同じく訪れたことのある友人の話やドイツ人の話を踏まえて、回答させていただきます。

フランクフルト
大都市です。駅周辺は、怪しい感じの人が結構いて、例えばハイデルベルクやローテンブルクに比べると治安の悪さを感じます。娘さんのお友達も女性の場合、夜女の子2人でフラフラするのはやめた方がいいかと思います。あとは、風俗店などが並ぶ通りなどもあるので、その辺りも避けた方がいいと思います。駅周辺で、黒人の人たちに囲まれてバッグの中身を取られそうになった(日本人女性1人でいたとき)という話は聞いたことがあります。

ミュンヘン
こちらも大都市です。フランクフルトよりは治安は良さそうな気がしました。

ローテンブルク
こちらは特に問題ありません。とても素敵な可愛い街です。

どの都市にも共通すること。
やはり海外ということで、日本に比べると治安は良くはないと思いますが、心配し過ぎるほどではないと思います。スリなどの対策をして、危険なところには立ち入らないことが当たり前ですが大切だと思います。各都市とも、観光客や日本人がたくさんいます。
また、親御さんとして心配なのはテロだと思います。フランクフルトやミュンヘンは大都市ですから特に心配だと思いますが、こればかりはなんとも言えません。人混みを避けるぐらいでしょうか。

当たり障りのない回答しかできませんが、お役に立てれば幸いです。何かまたお聞きになりたいことがありましたら、遠慮なくご質問ください。
娘さんの卒業旅行が安全で楽しいものになりますように。

たまご。

まっきーさん、こんにちは。
8月まで1年間ドイツに滞在していました、たまごです。
去年、シュツットガルトやニュルンベルク、ローテンブルクなどのクリスマスマーケットに行ったのを元に回答させていただきます。
・服装はロングアウターとムートンブーツで大丈夫だと思います。(去年はかなり暖冬だったようなので、暖かいところ出身の方だともう少し着込んでもいいかと思います。)かなり手先などは冷えると思うので、カイロなどがあっても良いかと思います。

・私は一つのマーケットにつき飲み物を2杯ぐらい(コップは持ち帰り)で、10ユーロぐらいかかったと記憶しています。コップを返せばpfand(デポジット)が帰ってくるので、もう少し安いかと思います。またたくさんお店が出ていて、美味しそうなものやお土産になりそうなものが売ってあるので、それを購入すれば30〜40ユーロなどかかる場合もあるかもしれません。大抵どこのマーケットも同じような商品を扱っているので、マーケット毎に毎回高額出費ということはないと思います。基本的に現金払いです。

・夜のライトアップのときや、ニュルンベルクなど有名なマーケットはかなりの人になると思います。リュックなどは避けて、カバンから意識をそらさないなど最低限のことをすれば、スリなどは大丈夫だと思います。ドイツは比較的安全だと思います。テロなどの方が心配かもしれません…去年のベルリンの例もありますし…

参考になれば…
・クリスマスマーケットでコップを持ち帰られる場合は、お店の人に頼めば綺麗なものに変えてもらえます。また、ビニール袋などを持っておくと持ち帰りに便利かと思います。また、コップには毎年使いまわしているものと、2017年版があり、同じマーケットでも様々な種類が用意されていることが多いです。コップを集められる場合は、一通り見てから選ばれると楽しいかもしれません。

少しでもお役に立てれば幸いです。