個人的なお勧めビーチは、ボホールのパンラオ（Panglao）島（ボホール本島から車でいけます）のアロナビーチ、予約が取れればボラカイ（Boracay）島です。

Panglaoは、マニラからBohol（Tagbiralan)。そこから車でビーチまで行けます。
セブパシフィックであれば5時55分AMとかでも出ているので、ここであればマニラに1泊しなくても良いかと思います。
マニラからであれば片道4000-5000くらいのようです。

ボラカイであれば、マニラからCaticlan。そこから公共交通機関またはホテルからのピックアップでボラカイ島に渡ります。
このボラカイ島は今年の7月かに環境保全のために島が一時的に閉鎖されており、10月末に再度オープン予定なのですが、1日1,000人程度までしか受け入れないということで、年末年始だと予約がとりづらいかもしれません。
また、閉鎖されている状況なので、最新の島までの行き方の情報がなく、上記は閉鎖前の情報であることご了承ください。その他開放後はビーチでの喫煙・飲酒なども禁止されるということで、どんな感じになるのかが不明ではあります。
ただ、ボラカイは閉鎖前から世界のビーチランキング一位に何回もなっている位、美しいビーチです。
ちなみにボラカイ（Caticlan)への飛行機12時半PM発となっておりますので、空港周辺でホテルを探されてもいいかも知れません。
（セブ在住のため、マニラの情報は持ち合わせておりません。なにとぞご容赦下さい。）

こんにちは。
息子さんが留学に行かれるのですね。ご心配になられるお気持ち、よく分かります。
ちなみに行かれる地域はセブ島でしょうか。または違う地方になりますでしょうか。
いったん留学生が一番多い（と思われる）セブを基準に回答をさせて頂きます。

①注意しなければならない事。
行ってはいけない場所：
特に地域を限ってで言えば、カルボンマーケットなどのダウンタウンエリアやポートエリアは特に用事がない限りは行かれないほうが良いかと思います。
サントニーニョ教会やサンペドロ要塞などの観光地もあるので、このような場所に行く場合には、日中明るいうちに行き、暗くなってからは行かれないことをお勧め致します。
その他は特に危ないという特定の地域は余りありませんが、外国人は目立ってしまうので、ローカルのフィリピン人たちが多く住む地域には余り近づかないほうが良いかと思います。
特にスクオッターエリアと呼ばれる不法占拠地域には興味本位では絶対に足を踏み入れないことをお勧め致します。ただし、このような地域に足を踏み入れるような機会は普通の留学生は多くないかと思います。
とにかく、夜に出歩いたり、ローカルの人たちの居住地域に興味本位で足を踏み入れたりということをしなければ、何か危険があるということは余りないと思います。
通常留学生はショッピングモールや、リゾートエリア、地方の観光地に行くことが多いかと思います。留学されれば、同じ時期に入学する方や、同じ部屋や授業で成人の方と知り合うと思いますので、基本このような成人の方と一緒に行動されると良いかと思います。

やってはいけない事：
夜間に出歩くのは基本避けられると良いです。
また、大衆交通機関のジプニーや、バイクタクシーはトラブルが多いので、移動は基本タクシーが良いです。タクシーは基本全部白いタクシーです。
また、（当たり前ですが）違法行為はご法度です。
特に警察がかかわるような事をされると厄介です。
夜のクラブに行ったり、飲酒などの行為は違法であると同時に、危険な事に巻き込まれやすいので、絶対に行かないようにして頂けたらと思います。

その他は、ご自身の荷物から目を放さない、荷物を放置しない、大金を持ち歩かない、大金を人前でみせびらかさない、スマホやカメラなども盗られやすいので注意を怠らない、など、通常海外で気をつけるべきことを守っていれば、おおかたは大丈夫だと思います。

②物価
ざっくり・・・ですが、思いつく範囲で。
タクシー初乗り　40ペソ～　（90円くらい）
コーラ（330ML缶）40ペソ　（90円くらい）
パン1個　5ペソ～（15円くらい）

フィリピンは物価が安いというイメージがありますが、実際に生活をしていると、すっごく安いというわけではないという感じです。
ただ、食べ物やマッサージなどのサービスは結構お安いです。
2週間で、基本は学校に滞在するのであれば、お小遣いは1-2万程度でも大丈夫かと思います。
ただ、ご旅行に行かれたり、大人の方とアクティビティに出られたりすれば、1万円程度はかかるので、ちょっと余裕は持って持たせた方が安心は安心だと思います。

クレカは持たせないとのことですが、中高生の方ですと、キャッシュパスポートというものを持っている方も多く、これは口座に入っている分だけ引き出しができるものなので、仲良くなった方と旅行に行きたい、ダイビングに行きたいなどになった、または現金を紛失してしまったなどの時に、親御さんとご相談後に引き出しができるので、安心できるのではないでしょうか。
どちらにしても海外なので、緊急のときにお金が入手できる方法は作っておいたほうが安心ではないかと思います。

③その他
ご心配は多くあるかと思いますが、基本的に学校でのルールをしっかり守り、
外部では海外で守るべき基本事項を守っていれば、危険な目に遭うことは余りないと思います。
携帯やカメラ、財布など貴重品の紛失または盗難のケースが多いので、ご自身の荷物、所持品をしっかりと管理されることをお勧めします。

その他、水道水は飲まない、屋台のものは口にしない、生ものは避ける、うがい手洗いをこまめにしっかりするなど、体調管理も重要事項になります。
体調が悪い、発熱している等があったら、我慢せず学校スタッフさんにすぐにご相談になられると良いと思います。

白い恋人はセブではなかなか手に入らないです。
フィリピン人はチョコレート・チョコレート菓子が大好きなので、喜ばれると思います。
お土産をお持ちになられるのはまったく問題ないので、ご安心くださいませ。

①日本円で30,000円（13,917.54ペソ/2018/12/12現在）を両替しようと思いますが、紙幣・通貨の種類はどのように用意するのがよろしいのでしょうか？1,000ペソ、500ペソを持参しても使用時にお釣りがない等不便であると伺いましたが本当でしょうか？お金のことですし、高校生が初めてフィリピンペソを使用するので、出来る限りトラブルリスクは避けたいと思っています。（緊急用に海外専用プリペイドカードも持たせます。）

外貨宅配サービスで細かい紙幣を用意してくれるのであれば、1,000ペソ紙幣は避け、500ペソ、100ペソを主にもらえると便利です。
小さな商店やタクシーなどは1,000ペソはお釣りがないといわれるケースが多々あります。
500ペソもそういうことがあるにはありますが、細かすぎると逆に管理が大変なのではないかとも思います。
ちなみに、大きなモールやスーパーなどは1,000ペソでも大体おつりはあります。

②日本円は使用できるのでしょうか？
市中では通常使えません。
ほかの通貨もペソに両替しないと普通は使えません。

衣類や日用品でしたら、SM City内のスーパーはいかがでしょうか。
もしくはマボロのスーパーFoodaにも衣類など売っていたかと思います。